學校創辦于1977年6月，最初為福建省莆田地區師范學校福清分校，后更名為福建省莆田地區師范大專班。1978年12月，經國務院批準建立福建省莆田師范專科學校，學校成為福建省首批恢復和增設的4所師范高等專科學校之一。建校初期，為培養當時社會急需的中學師資，還曾在福清、莆田、仙游、長樂、永泰、閩清等地開設分班。因校址設在福清，1980年7月，福建省政府決定將學校更名為福清師范專科學校。因省內行政區劃的調整，1983年8月，福建省政府決定將學校掛靠到福建師范大學，成為福建師大二部。1984年6月，福建省政府決定將學校定名為福建師范大學福清分校，并沿用至今。 2019年底，教師輔導員進行為期一天的水果嘉年華素質拓展主題團建活動。